Изгледът и усещането на AmigaOS, въпреки че все пак до голяма степен се основава на по-ранната версия 3.1, беше преработен донякъде, с подобрен потребителски интерфейс, базиран на ReAction, подобрено изобразяване на икони и официална поддръжка за истински цветни фонове.Тези версии включваха поддръжка на съществуващи подобрения в графичния интерфейс на трети страни, като NewIcons, чрез интегриране на тези кръпки в системата.Версиите 3.5 и 3.9 включваха нов набор от 256 цветни икони и избор на тапет за десктоп.Те заменят стандартната изцяло метално сива 4/8 цветова схема, използвана на AmigaOS от версия 2.0 до 3.1.Основните подобрения бяха въвеждането на лента за стартиране на програмата, наречена AmiDock, преработен потребителски интерфейс за системни настройки и подобрени помощни програми ....