За да се подпомогнат учените в областта на околната среда при намирането на „адекватен“ модел на системата, която изследват, е необходима компютърна програма, която позволява на нейните потребители да извършват симулации, използвайки различни модели, да оценяват идентифицираността и да оценяват стойностите на параметрите на модела (използване на измерени данни) и за оценка на несигурността на прогнозата.Компютърната програма AQUASIM е разработена за извършване на такива анализи на технически и естествени водни системи.AQUASIM позволява на своите потребители да определят пространствената конфигурация на системата, която ще бъде изследвана, като набор от отделения, които могат да бъдат свързани помежду си чрез връзки.Понастоящем наличните типове отделения включват смесени реактори, реактори на биофилм (състоящи се от биофилм и фаза в насипна течност), адвективно-дифузионни реактори (реактивни запушващи реактори със или без дисперсия), наситени почвени колони (със сорбция и обмен на порите на обема),речни участъци (описващи водния поток и транспорт на вещества и трансформация в открити канали) и езера (описващи стратификация и транспорт на вещества и трансформация във водния стълб на езерото и в прилежащите седиментни слоеве).Отделенията могат да бъдат свързани с два вида връзки (езера все още не могат да бъдат свързани с други отделения).Адвентивните връзки представляват водния поток и транспортирането на адвективно вещество между отделенията, включително бифуркации и кръстовища.Дифузионните връзки представляват гранични слоеве или мембрани, които могат да се проникват избирателно от определени вещества.Потребителят на програмата е свободен да посочва всеки набор от променливи състояния и процеси на трансформация, които да бъдат активни в отделенията.За модела, както е дефиниран от потребителя, програмата е в състояние да извършва симулации, анализи на чувствителността и оценки на параметрите, като използва измерени данни.Тези функции правят програмата много полезен изследователски инструмент.Изчислените резултати могат да бъдат нанесени на екрана (само версия на интерфейса на прозореца), записани във файл Post-Script за прехвърляне на принтер ......