Марката на Нинджа се състои от стелт ориентирана 2D платформа.Героят е длъжен да се промъкне през поредица от среди, докато остава извън полезрението на охраната и извършва безшумни сваляния.Нивата са разделени на области от светлина и тъмнина;героят на играча е невидим, докато е в последния.Звуци като бягане също могат да раздадат местоположението на героя на играча и са представени визуално от бързо разширяващ се кръг.Необичайно за платформист, Mark of the Ninja използва механика на зрението, което означава, че враговете, които биха били невидими за героя, също са невидими за играча, въпреки че звуците им са представени на екрана по същия начин като този на героя на играча .... При приближаването на врагове неоткрити, героят на играча е в състояние да извърши убийство с един удар.За да улесни това, играчът може да гаси източници на светлина, да се скрие зад предмети и да преминава през тесни решетки и шахти, недостъпни за врагове.Ако бъдат открити, те трябва да избегнат враговете си и да останат извън полезрението за определен период, след което враговете ще се върнат на първоначалните си позиции и екзекуциите с едно попадение отново ще бъдат възможни.Враговете реагират на средата си и един на друг;те ще подадат аларма, ако забележат героя на играча или намерят тяло, което ще предупреди всички врагове в района.Ако чуят звук или хвърлят поглед върху характера на играча, те стават подозрителни, показвайки въпросителна над главата си и активно търсейки героя на играча.Сюжет: Историята на играта започва с атака от въоръжена сила върху база нинджа.Неназованият главен герой, излязъл след получаване на татуировка, се събужда от женска нинджа на име Ора.Събирайки екипировката си, нинджата е в състояние да победи войниците и да спаси господаря си Азай заедно с другите си другари.Азай му разказва за силата на татуировката си и легендата около нея, като обяснява как мастилото идва от специално пустинно цвете, което дава специални умения, но на цена ...