VMD е в състояние да работи с много големи структури до границите на наличната памет.64-битовите версии на VMD позволяват симулационни траектории с голям размер и дългосрочен мащаб да бъдат заредени във физическа памет и да побират големи обемни набори от данни.64-милионната атомна HIV-симулация, описана в изданието на Nature от 30 май 2013 г., е първокласен пример за това какво може да се направи с VMD на подходящо оборудвана графична работна станция.Моделът на HIV-1 беше подготвен за симулация с помощта на инструментите за изграждане на структура, а по-късно бяха използвани скриптови характеристики на VMD за анализ на траекторията.Цялоатомната структура на HIV-1 капсида, показана на покритието Nature, е изобразена във VMD с помощта на вътрешния трасиров механизъм на Tachyon и след това е композирана с художествено изображение на вирусната обвивка и текста на Nature Cover....